เครื่องคำนวณน้ำหนักโมเลกุลของโปรตีน

หมวดหมู่: ชีววิทยา
- กรกฎาคม 17, 2568
| |
0
ถูกต้อง

น้ำหนักโมเลกุลของโปรตีนคำนวณจากผลรวมของมวลไอโซโทปเฉลี่ยของกรดอะมิโนในลำดับ:

\[ MW = \sum (n_i \times MW_i) - (n_{peptide} \times MW_{H_2O}) \]

โดยที่:

  • \(n_i\) = จำนวนของกรดอะมิโนแต่ละชนิดในลำดับ
  • \(MW_i\) = น้ำหนักโมเลกุลของกรดอะมิโนแต่ละชนิด
  • \(n_{peptide}\) = จำนวนพันธะเปปไทด์ทั้งหมด
  • \(MW_{H_2O}\) = น้ำหนักโมเลกุลของโมเลกุลน้ำ (18.02 Da)

เครื่องคิดเลขน้ำหนักโมเลกุลของโปรตีนคืออะไร?

เครื่องคิดเลขน้ำหนักโมเลกุลของโปรตีนช่วยในการกำหนดน้ำหนักโมเลกุลของโปรตีนตามลำดับหรือองค์ประกอบของกรดอะมิโน นอกจากนี้ยังคำนวณคุณสมบัติเพิ่มเติมเช่น จุดไอโซอิเล็กทริกทฤษฎี (pI), ค่าสัมประสิทธิ์การดูดกลืน, ความชอบน้ำ (คะแนน GRAVY) และประจุสุทธิที่ pH 7.

วิธีการใช้เครื่องคิดเลข

เครื่องคิดเลขมีหลายวิธีในการป้อนข้อมูลโปรตีน:

  • วิธีลำดับ: ป้อนลำดับโปรตีนโดยใช้รหัสกรดอะมิโนแบบตัวอักษรเดียว.
  • วิธีองค์ประกอบ: ป้อนจำนวนของกรดอะมิโนแต่ละชนิดด้วยตนเอง.
  • ตัวเลือกขั้นสูง: ใช้การปรับเปลี่ยนเช่น การอะเซทิลเลชัน, พันธะไดซัลไฟด์, หรือการปรับเปลี่ยนที่ปลาย.

คุณสมบัติหลัก

  • คำนวณน้ำหนักโมเลกุลในทั้ง Dalton (Da) และ kilodalton (kDa).
  • กำหนด pI ทฤษฎีตามค่าพีเคเอของกรดอะมิโน.
  • คำนวณค่าสัมประสิทธิ์การดูดกลืนสำหรับการดูดซับ UV ที่ 280 นาโนเมตร.
  • ประมาณความชอบน้ำโดยใช้คะแนน GRAVY.
  • พิจารณาการปรับเปลี่ยนที่กำหนดเองเช่น การฟอสโฟรีเลชัน, การมีเธลเลชัน, และการมีอะมิด.

ทำไมน้ำหนักโมเลกุลของโปรตีนจึงสำคัญ?

การรู้ว่าน้ำหนักโมเลกุลของโปรตีนมีความสำคัญสำหรับ:

  • การวิเคราะห์อิเล็กโตรโฟรีซิส (SDS-PAGE, Western blotting).
  • การระบุด้วยสเปกโตรเมตรีมวล.
  • การทำให้บริสุทธิ์ของโปรตีนและโครมาโทกราฟี.
  • การศึกษาโครงสร้างและหน้าที่.

คำถามที่พบบ่อย

pI ทฤษฎีคำนวณอย่างไร?

จุดไอโซอิเล็กทริก (pI) คือ pH ที่โปรตีนไม่มีประจุสุทธิ มันถูกคำนวณโดยใช้สมการเฮนเดอร์สัน-ฮัสเซลบาลช์:

\[ pI = \frac{pKa_{pos} + pKa_{neg}}{2} \]

ค่าสัมประสิทธิ์การดูดกลืนคืออะไร?

ค่าสัมประสิทธิ์การดูดกลืนคำนวณจากจำนวนกรดอะมิโนทริปโตฟาน (W), ไทโรซีน (Y), และไซสทีน (C):

\[ \varepsilon = (n_W \times 5500) + (n_Y \times 1490) + (n_C \times 125) \]

เครื่องคิดเลขจัดการการปรับเปลี่ยนอย่างไร?

เครื่องคิดเลขอนุญาตให้คุณใช้การปรับเปลี่ยนหลังการแปลหลายประเภท ซึ่งจะถูกเพิ่มหรือลดจากน้ำหนักโมเลกุลของโปรตีน.

คะแนน GRAVY คืออะไร?

คะแนน Grand Average of Hydropathy (GRAVY) เป็นการวัดความชอบน้ำของโปรตีน มันถูกคำนวณเป็น:

\[ GRAVY = \frac{\sum (Hydropathy_{AA} \times n_{AA})}{Total\ Amino\ Acids} \]

ทำไมโมเลกุลน้ำจึงรวมอยู่ในการคำนวณ?

การสร้างพันธะเปปไทด์แต่ละครั้งจะส่งผลให้สูญเสียโมเลกุลน้ำหนึ่งโมเลกุล ดังนั้นมวลรวมจึงถูกปรับตามนั้น.

บทสรุป

เครื่องคิดเลขน้ำหนักโมเลกุลของโปรตีนเป็นเครื่องมือที่มีค่าสำหรับนักวิจัยและนักเรียนในสาขาชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุล ไม่ว่าจะเป็นการวิเคราะห์โครงสร้างโปรตีน การทำการทดลอง หรือการตีความผลลัพธ์ เครื่องมือนี้ให้คุณสมบัติทางโมเลกุลที่สำคัญอย่างรวดเร็วและแม่นยำ.